Alpha, Delta et peut-être bientôt Mu: la Suisse traque l’apparition de nouveaux variants et de leurs chaînes de transmission. Actuellement, le séquençage du génome du virus permet de connaître, à partir d’un test PCR positif, l’identité du variant concerné et son profil génétique complet. Au mois d’août 2021, plus de 5600 séquences ont été analysées par une dizaine de laboratoires académiques ou privés dans toute la Suisse. Ces données ne sont toutefois utiles que si elles sont rapidement mises en rapport les unes avec les autres. Pour répondre à ce besoin de coordination a été créée une infrastructure nationale de surveillance, codirigée par l’Institut Suisse de Bioinformatique (SIB), a annoncé récemment ce dernier dans un communiqué. La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) centralise, harmonise et annote les séquences génomiques du SARS-CoV-2 provenant des laboratoires en Suisse, ainsi que les données les accompagnant (date du test PCR, mode de prélèvement, raison du séquençage, machine utilisée, lieu du test, genre et âge du patient). Ce nouvel outil vient soutenir la stratégie nationale de surveillance génomique menée par le Centre National de Référence pour les Infections Virales Emergentes (CRIVE) et l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), donnant aux autorités une vision d’ensemble et automatisée du séquençage en Suisse.
