Né en 1928 à Zurich, Andreas Fanconi est le fils du professeur Guido Fanconi, pédiatre de renommée mondiale et directeur médical de l’Hôpital universitaire pour enfants de Zurich pendant de nombreuses années. Andreas Fanconi était bourgeois de Poschiavo (GR) et de Zurich. Il a fréquenté le gymnase littéraire de Zurich, puis a étudié la médecine dans les universités de Zurich, Genève et Paris. Il a passé son examen d’État à Zurich en 1954, où il a également obtenu son doctorat en 1956. Des postes de médecin assistant l’ont conduit à l’institut d’anatomie pathologique de l’Université de Zurich, au University College Hospital de Londres, à l’Université de Bâle et à l’Hôpital cantonal de Genève. Il est devenu assistant en 1959 et médecin-chef de l’Hôpital universitaire pour enfants de Zurich en 1962.
