L’intérêt pour le microbiote humain et son importance pour la santé a littéralement explosé ces dernières années, ce qui a conduit les chercheurs à accorder davantage d’attention au microbiote d’autres êtres vivants. Les microbes pathogènes chez les plantes sont étudiés depuis longtemps, mais les micro-organismes non pathogènes qui se développent surtout au niveau des racines et des feuilles suscitent un intérêt grandissant. Des centaines d’espèces de microbes colonisent les plantes, à l’instar des animaux et des humains ; principalement des bactéries, mais aussi des champignons et des virus.