Nach der Strukturreform von 1987 war die FMH organisatorisch breiter abgestützt, doch die Herausforderungen verschoben sich zunehmend nach aussen. In den späten 1980er- und frühen 1990er-Jahren geriet das Gesundheitswesen politisch unter Druck. Fragen der Kostenentwicklung, der Spitalplanung sowie der Organisation der Versorgung rückten stärker in den Fokus. Politik, Versicherer und Kantone suchten vermehrt nach Instrumenten zur Steuerung und Regulierung des Systems.